Il Comitato Esecutivo è l’organo di amministrazione della Associazione ed è investito dei più ampi poteri di ordinaria e di straordinaria amministrazione per attuare gli scopi sociali.
Il Comitato Esecutivo è composto da 9 (nove) componenti di cui 8 (otto) eletti dall’Assemblea Generale dei Soci tra gli associati. Ai sensi dell’art. 26, c.2, del CTS, la maggioranza degli amministratori è scelta tra le persone fisiche associate, ovvero indicate dagli enti associati. Ove nel corso dell’esercizio vengano a mancare più amministratori e i rimanenti nominati dall'assemblea dei soci risultino in parità o in minoranza, i consiglieri in carica devono convocare l’Assemblea Generale di Soci per la sostituzione dei componenti mancanti. La cooptazione da parte del Comitato Esecutivo è ammessa solo nell’ipotesi che la maggioranza degli amministratori rimanga di nomina assembleare.
Nella seduta di insediamento il Comitato Esecutivo elegge tra i suoi componenti a maggioranza e con voto a scrutinio segreto:

1. il Presidente
2. il Segretario
3. il Direttore Scientifico del Centro Studi;
4. il Direttore Editoriale;
5. il Coordinatore della scuola di Formazione Permanente in Pneumologia;
6. il Coordinatore del Dipartimento ai Rapporti Istituzionali e le Politiche Sanitarie
7. il Coordinatore dei Gruppi di Studio
8. il Coordinatore dei Rapporti con le Sezioni Regionali

Sono considerati incompatibili con la carica che rivestono e devono essere dichiarati decaduti coloro che vengano a trovarsi in situazione permanente di conflitto di interessi, per ragioni economiche con l’organo nel quale sono stati eletti o nominati.
Al conflitto di interessi degli amministratori si applica l'articolo 2475-ter del Codice civile.
Il componente che ha svolto il ruolo di Presidente e termina il suo mandato, rimane nel Comitato Esecutivo assumendo la carica di Past Presidente e vi partecipa con diritto di voto, per un ulteriore mandato della durata di anni due.